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有许多新发展。讲学人可慕名聘请，或书院主持人自讲，还可临时请名人讲演。不同学派可以互相交流、论辩。理学大师亲自复修书院或新创书院，在书院授徒讲学，提高了书院的学术地位，为书院树立了威信，扩大了书院的社会影响。
北宋的着名学者多在官学任职，南宋的着名学者大都逐步从官学移足书院。朱熹、陆九渊、吕祖谦、张栻等都是南宋学术界的名流，又是书院教育的积极倡导者，他们的弟子门人也都是积极创办书院的有名人物，对南宋书院的勃兴，起了推波助澜的作用。
理学大师在书院讲学，扩大了书院的影响，吸引了大批读书士子慕名奔趋。特别是他们的弟子门人又各创书院，以扩大影响，又促成了书院繁盛的局面，造成了书院空前勃兴之势。而在政治环境逆转、言论生态恶化的情况下，宋代书院的存在意义不可小觑。
书院是独立于官学系统以外的私学系统，没有必要向官方的价值系统投降缴械，这就为思想学问的自由讨论保留了一方净土。尤其是南宋转向以后，绝大部分知识分子作为政治上的反对派，就是通过书院这个阵地，来传播自己的学术思想与价值理念。
赵昺认为士人阶层上书言事，关心时事，有一定的进步和积极意义，但是也并非如想象般的那样完美。因为其中确有一些士人拘泥古制而昧于政事，他们有些上书言事，不仅没能触及国计民生的大问题，还尽说些言不及义的老调子。正如史家吕思勉毫不客气地批评所说：“外有强敌的压迫，最主要的事务，就是富国强兵，而宋儒却不能以全力贯注于此。”
他心中此时也有了些谱，当前的祸根，其实与高宗皇帝不无关系。其在内外交困之下，为了减少麻烦和省钱，对兴办官学采取消极态度，对太学生采用高压管制政策，鼓励民间兴办书院。当时也许是无奈之举，但是在赵昺看来其实是玩脱了，放弃了占领舆论阵地，任由各种学说百花齐放，使得主流思想上产生了混乱。