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遭杖责流放，次年病卒。
此情此景，一众道士看在眼里，喜在心头，益发受到鼓舞。
贞观十三年九月，道士们再次发难，矛头直指缠斗了数十年的佛教领袖法琳。
道士秦世英向朝廷告密，翻出武德年间老账，说法琳《辩正论》诽谤皇室始祖。
李世民新帐老帐一起算，立即逮捕法琳加以推问。
十月二十七日，刑部尚书刘德威、礼部侍郎令狐德棻、侍御史韦淙、司空毛明素等进行审问，法琳辞气不屈。于是皇帝亲自出场，与法琳来回问答二百余条。
情急之下，老和尚口不择言，说皇室出自代北李，即阴山贵种鲜卑族达达这一系，译为唐言，即为李氏；而李耳属于陇西李。
并说李耳其父名韩虔，字元卑也就是天字第一号卑践货的意思，是个独眼、跋足、无耳的乞丐，终生娶不起妻，七十二岁时与邻里老婢私通，在李子树下生出李耳，始以李氏为姓。
法琳说皇室“弃代北而认陇西”，是“以金易愉石，以绢易褛褐”。
这些话句句戳到李世民痛处，于是勃然大怒，宣布处死，但缓期七天，让法琳念观音菩萨，看到时候能不能保佑他脑袋不掉。
七天后李世民遣人复审，法琳终于服软，拍马屁说：“七日以来，未念观音，惟念陛下”，陛下“子育恒品”，就是当今观音。
又捏准了李世民好名的软肋，说“陛下若顺忠顺正，琳则不损一毛；陛下若刑滥无辜，琳唯有伏尸之”。
李世民拿他没办法，再问他佛、道优劣，这次法琳回答称旨，于是顺坡下驴，免死流往益州为僧。
法琳委屈不已，路上作《悼屈原篇》，在赴益州途中病故于百宇关菩提寺。
法琳一死，佛教势力大挫，不得不接受了道先佛后的新秩序。
沙门的看门犬法琳去见光头祖了，李世民没有停下脚步。
然而随着年岁渐长，亲朋故旧日渐凋零，尤其李渊去世、第二年长孙氏辞世后，李世民环顾四周。
虽然功业赫赫，但慈母早逝，两个同胞兄弟和十个侄儿死在自己手中，老父被逼退位后至死满怀戒心，不复当年融洽，人到中年又丧佳偶，爱女早夭，两个儿子钩心斗角，心情自非一般人所能体会。
道教虽然能教人长生不老和房中术，但对心灵的安慰还是佛教更加拿手。可以说，此时这位李世民难免会有一些佛家的情绪。
大约在贞观十五年前后，李世民梦见几年前去世的近臣、文学和书法好友虞世南，心头怅惘，颁下《为故礼部尚书虞世南斋僧诏》，很能说明他此时的心境。
“故礼部尚书文懿公虞世南，德行纯备，文为辞宗...申朕思旧之情。可即其家，斋五百僧，造佛像一躯。”
在梦见虞世南前后，李世民亲临弘福寺为已去世五年的长孙氏追福。
宏福寺乃是为其母亲穆太后所造，于是召唤几位高僧一起闲谈，“言及太后，悲不自胜，掩泪吞声。久而言曰:‘朕以早丧慈亲，无由反哺。风树之痛，有切于怀。庶凭景福，上资宾佑。朕比以老子居左，师等不有怨乎?’”
主持道意回答说:“僧等比者安心行道，何敢忘焉。”语气七分软又带三分硬。
于是李世民几乎乞求谅解一般说：“佛道大小，朕以久知；释李尊卑，通人自鉴。岂以一时在上，既为胜也。朕以宗承柱下，且将老子居先。植福归心，投诚自别。比来檀舍，佥向释门，凡所葺修，俱为佛寺，诸法师等，知朕意焉。”
这样一番自我辩解的话出自当年天不怕地不怕的太宗之口，恐怕也是他意识到自己尽管身为帝王，却仍然不过是个凡人，生老病死皆不在自己掌控之中，因此不得不试图向佛祖示好，以期增老父慈母和爱妻在幽冥之中的福分吧。
李世民心中有了这样的心理铺垫，佛教也就有了重生的机会。
贞观十八年，正在洛阳筹划解决高丽问题的李世民，接到了一道来自远方的上表，语气谦恭，充满期盼和忐忑。看到上表人的名号，他决定召见。
李世民想要通过玄奘的嘴巴了解西域诸国的民情、军事力量、地形等等。
于是，他派留守的梁国公房玄龄等人出城迎接。
史载数十万人涌上街头，其时“瑞云现于日北，团圆如盖，红白相映，当于像上显发轮光，既非绕日，同共嗟仰!”
为了得到的玄奘脑袋里的一百三十八国的资料和见闻，李世民不得不派出宰相房玄龄和太子左庶子许敬宗亲自出马。
玄奘答应给李世民写《大唐西域记》，但李世民必须帮他把带回来的经书翻译出来。
李世民妥协了。
但民间却以为皇室再次偏向光头教。
等李世民从辽东回来，不再是龙马精神的他，只好任由光头教再次兴盛起来。
自此，李世民到临死之前，没再干预佛道两教发展。
之后，尚且年轻的李治，既体会不到他父祖两代对待宗教的出发点，又没有得到李世民的明确指示，还收了一位声称弥勒转世的未来女帝，佛道两教彻底不知收敛了。