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王守仁说：“现在九江、南康已经被敌军占领，如果我们越过南昌跨江救援安庆，就会腹背受敌。现在南昌空虚，我军锐气正盛，可以一举攻破。敌军听说南昌失守，定会回师来救，这时我们在鄱阳湖迎击他，肯定能取得胜利。”
由于先前进行大量宣传工作，谎称有大量军队攻城，南昌竟然不攻自破，停了两日，王守仁便派诸将分五路迎击回援南昌的宁王大军。四路分兵迎进，一路设伏。交战以后，宁王大军很快腹背受敌，被分割成几部分，后又中了埋伏，惨遭大败，溃逃退守八字脑地区。宁王眼观局势不妙，急忙调九江、南康的精锐部队出击，王守仁派几路大军迎战并取南康。
这一仗打得相当激烈，是关键的一战。官军一度退却，王守仁部将伍文定立即斩杀了后退之人，命令诸军一决死战。最后终于打败了敌人，敌军退保樵舍地区，将大船结成方阵，宁王拿出金银珠宝犒赏将士，要求他们死力一搏。
但宁王军队的方阵被王守仁看出破绽，他决定仿效赤壁之战，放火烧船。第二天，宁王群臣聚集在一起，正在船上召开“早朝”会议，王守仁大军杀到，用小船装草，迎风纵火，烧毁了宁王的副船，王妃娄氏以下的宫人以及文武官员们纷纷跳水自杀。宁王的大船搁浅，不能行动，仓促间换乘小船逃命，被王阳明的部下王冕部追上擒获，宁王的其它文武大臣也成了阶下囚。不久，南康、九江也被官军攻陷，宁王之乱全面平息，前后只有三十五天时间。王守仁因此而获“大明军神”之称。
后来，明武宗以“威武大将军朱寿”之化名出征，宦官有意释放宁王，让武宗与宁王打一仗并亲自俘获，借此讨好皇上。王阳明对宦官张永动之以情、晓之以理，说明这样做会死更多人。最后协调结果是：让明武宗到了南京，再放出宁王让皇帝俘虏，高兴一下。
这一次正德皇帝为了表彰他的丰功伟绩还特意的命人在京城的石碑上刻下了《记功碑》用以表彰他的这次的丰功伟绩。