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算杀害郭子兴，朱元璋于是把郭子兴接到滁阳发展，而赵君用也在淮安失守以后逃到山东益都，投靠了毛贵，后被毛贵的部将所杀。
南北锁红军方面，自至正十二年闰三月起，元廷先后派四川行省平章咬住、四川行省参政答失八都鲁，参知政事也先帖木儿，陕西行省平章月鲁帖木儿，知枢密院事老章等分路围剿南北琐红军。五月，答失八都鲁攻陷襄阳，布王三被俘，北琐红军被镇压。十四年正月，答失八都鲁攻陷峡州，南琐红军亦被镇压。
天完方面，至正十三年，元统治者调集几省军队，对红巾军根据地进行集中围剿，天完证权的重要领导人彭莹玉战死，国都蕲水县城也被攻破，倪文俊迎接徐寿辉带兵迅速往南转移，才总算保住了红巾军主力，第二年陈友谅又收复了江西、湖南一带，天完在汉阳县重新建立了都城。
刘福通分析完各路义兵的处境后，认为现在的红巾军就像一盘散沙，在与元军的对抗中，大家尽皆处于下风状态，只有各路义军团结起来，才有打败元军的胜算，否则的话，各路义军终将会被元廷各个击破。刘福通于是作出了建立证权，号令群雄的决定。
至正十五年正月，为了笼络人心，刘福通四处寻找北方白莲教主韩山童之子韩林儿，最后在砀山夹河找到了他。刘福通迎韩林儿到亳州，称“小明王”，并建立证权，国号大宋，年号龙凤，尊奉杨氏为皇太后，任命杜遵道、盛文郁为丞相，刘福通、罗文素为平章政事，刘福通之弟刘六为枢密院事。
大宋证权建立以后，徐州和濠州的这两支起义军马上积极归顺，服从大宋证权领导；而天完证权的徐寿辉，此时正受到丞相倪文俊的挟制，徒有帝名；并且刚建立不久的大宋证权内部，也出现了一些问题。据说大宋丞相杜遵道与太后杨氏有染，因而受到杨氏的恩宠而掌握实权，“自是专权怙势，人皆嫉之”，而刘福通则不受重用。刘福通很嫉妒他，暗地里命令刘铁骨组织披甲的士兵捕杀了杜遵道，然后刘福通自封丞相，加太保，从此成为宋证权的实际领导人、北方红巾军的总指挥，并且在往后长期的斗争中，展示了他卓越的军事和政治才能。
至正十五年年二月，刘福通认为时机已经成熟，带领红巾军主力北上抗元。这年六月，元廷派河南行省左丞答失八都鲁统率诸路兵马，进攻许州长葛，为刘福通击败，答失八都鲁退至中牟，红巾军劫其营，夺其辎重，俘获其子孛罗帖木儿，但红巾军又遭元将刘哈剌不花袭击，孛罗帖木儿被夺走。刘福通继续在北方攻城略地，命其将赵明达取嵩、汝、洛阳，赵明达一度北渡孟津至怀庆路（今河南沁阳），黄河之北大为震动。元廷不得不自豫南调察罕帖木儿来应战，赵明达战败。然而更让人想不到的是，这年十二月，答失八都鲁趁刘福通的主力北上、南方守卫空虚的时候，派兵进攻太康，进围亳州。由于亳州是大宋的国都，刘福通连忙带兵回营抢救，然而已经于事无补，亳州失守，刘福通保小明王血战突围，南奔安丰。第一次北伐的失败，让红巾军受到重创，这是红巾军起义以来遭到的第一次大挫折。
刘福通将小明王移置安丰，次年三月，亲自领兵与答失八都鲁军激战于太康、亳州，击退敌军，亳州得安。不久以后，刘福通的兵力又重新强盛起来了，刘福通便派其部将分路夺取地盘。至正十六年二月，朱元璋攻占集庆（今江苏南京），七月，宋证权设立江南等处行中书省，任命朱元璋为行省平章；同年十月，赵君用却安，宋证权于是设淮安等处行中书省，任命赵为行省平章。以后，宋证权为了节制各路红巾军，在那些占领一地而又较为巩固的地区，继续设置行竖构。
通过对大元的局势和大宋军事实力的分析，刘福通认为战争时机已经成熟，再次作出了北伐的决定。从这项决定中，我们看到了一个将领受挫不馁的抗元毅力和愈挫愈勇的抗元决心。从至正十六年九月开始，到至正十七年夏，刘福通派遣军队分路出击，形成三路北伐的壮观局面，而刘福通亲自率大军攻克汴梁，北方红巾军进入鼎盛时期。