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的太师、上柱国之类至高无上的头衔，惩处张居正的亲信，将其子革职为民，一步一步地，全面展开了对张居正的清算。万历十二年，被废辽王的遗孀王氏乘机上书为已故辽王鸣冤，声称辽王之被废乃是由于张居正的迫害，要求平反昭雪。辽王由于作恶多端而被废，此事发生于隆庆二年，当时张居正还只在内阁中排名第四，要追究责任，也该追到当时的首辅高拱身上。但王氏在奏疏中无中生有地声称辽王被废后其府第田土都被张居正霸占，“金宝万计，悉入居正府”，却使终生爱财如命的神宗眼中大发红光，以此为借口下令查抄张府。
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张居正生前，就有贪财的恶名。刘台曾上疏指控他“入阁未几，而富冠全楚”“宫室舆马，妻妾奉御，有同王侯”，而王士贞则说，严嵩被抄家后，财产十分之九都进了皇宫，但后来又从宫中流失，“最精者十二归江陵（张居正）”（《觚不觚集》），陕西道御史杨四知告发张居正有十四大罪，其中一条就是“贪滥僭窃”，“银火盆三百，诸公子碎玉碗玉杯数百”，真够骇人听闻的了。现在王氏又说“金宝万计，悉入张府”，怎不让神宗眼红！他估计至少也能抄到二百万两银，然而把张府里里外外搜遍了，锱铢必究，都折算成银，也不过十几万两。张家原是盐商，本就有钱，张居正生前又蒙神宗赏赐极丰，有十几万的家当，实在没什么希奇。这点钱，不过刚够神宗嫁一个女儿，还不够娶一个媳妇（神宗长公主下嫁，用去银十二万两，而福王大婚，用去银三十万两），自然是大失所望，下令对张的儿子严刑拷打追赃，逼死了大儿子张敬修，朝野震动，才算告了一段落。对张居正的最后判决是：
“张居正诬蔑亲藩，侵夺王坟府第；钳制言官，蔽塞朕聪；私占废辽地
亩；假以丈量，庶希骚动海内；专权乱政，罔上负恩，谋国不忠。本
当断棺戮尸，念效劳有年，姑免尽法追论。伊属张居易、张嗣修、张
顺、张书都着永戍烟瘴地面，永远充军。”
大概因为实在没抄到什么东西，也就不好意思判他贪污敛财。
明朝的官俸，低得不可思议，只够勉强糊口。海瑞号称本朝第一清官，薪俸之外的钱财一概不取，却也只好业余当农民，率领衙役在衙门的后院种菜自给。为老母亲做寿，破例买了两斤猪肉，竟被当成重大新闻传播。则其名为朝廷命官，实与贫民无异。一般的官僚不愿当贫民，就钻钻法律的空子，干点似非法似合法的勾当。地方官照例从上交中央的税赋中抽成供私用，称为“常例”，京官无此财路，就要靠地方官的馈赠了。张居正不是海瑞，对官员间的一般馈赠，并不拒绝，在书信往来中也多提及，并不回避。但对大金额的有贿赂之嫌的馈赠，他是不收的。名将李成梁受封伯爵，一次就遣手下人送他黄金千两、白银万两，被他严词拒绝：“若主以血战功封一官，我若受之，是且得罪于高皇帝。其毋再渎！”张敬修在自杀前留下的遗书说其父“清介之声传播海内”，或许过誉，但时人比之为严嵩，告之曰“贪滥僭窃”，那定是欲加之罪何患无词了。
海瑞评说：“居正工于谋国，拙于谋身。”《明神宗实录》也说“识者谓，居正功在社稷，过在身家。”不过是道出了自商鞅以来所有改革家的下场。张居正何尝不想谋身，但要革除“数十年废驰丛积之政”，要“振纪纲”，“重诏令”，“核名实”，则不能不认真，不能不得罪人，也就只好先把自身的安危置之度外，而承受或出于私人恩怨，或由于个人利益受到损害，或因为忌妒的舆论攻击。张居正的才干无人可否认，舆论也就只能在其道德品质上打转，于是搞阴谋、好色、贪财，凡是处于其位者具有代表性的恶行，无不被加到了张居正的头上。既然在忠与孝、国与身中选择了前者，最后也就只有在佛家教义中找到了精神解脱：“如入火聚，得清凉门。”在熊熊烈火中想象出一个清凉世界。
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鲁迅有谓：历史人物的大小，恰与物理规律相反，愈近愈小，愈远愈大。被同时代人视为卑劣小人、独裁奸相的张居正，其伟大，只有后人才能仰见。在张居正当国十年所留下的家底被神宗、熹宗糟蹋得干乾净净，国破家亡之际，崇祯就明白了张居正的好处，知道“得庸相百不若得救时相一也”，才给张居正彻底平反。江陵张居正故宅有题诗云：
“恩怨尽时方论定，封疆危日见才难。”
只不过恩怨尽时，也是封疆危日，一切都即将成为历史了。
资料内容来源于张居正-贴吧，方舟子《张居正二三事》